A Sötétség a cseh történelem nyomasztóan kilátástalan korszakáról, a fehérhegyi csatát követő általános hanyatlásról ad hatalmas körképet. Az eretneküldözés, a cseh kultúra és szellemiség módszeres és kíméletlen pusztítása, az erőszakos németesítés komor légkörében lángol fel a buzgó katolikusnak nevelt gazdag polgárfiú, Jirí Brezina és az ősei hitét követő egyszerű jobbágylány, Helenka Machovec szerelme, de nem bizonyul elég erősnek ahhoz, hogy áttörje az embertelen vakbuzgóság, a társadalmi előítéletek korlátait.